Ο Μανόλης Κουμπαράκης είναι Καθηγητής του Τμήματος Πληροφορικής και Τηλεπικοινωνιών του Πανεπιστημίου Αθηνών από τον Νοέμβριο του 2005. Στο παρελθόν έχει διατελέσει Αναπληρωτής και Επίκουρος Καθηγητής στο Τμήμα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών του Πολυτεχνείου Κρήτης (Αύγουστος 1999 – Οκτώβριος 2005) και Lecturer in the Dept. of Computation, University of Manchester, Institute of Science and Technology (Ιανουάριος 1995 – Δεκέμβριος 1998).

Ο κ. Κουμπαράκης έχει δημοσιεύσει πάνω από 200 άρθρα τα οποία έχουν συγκεντρώσει ιδιαίτερα υψηλό αριθμό ετεροαναφορών στις παρακάτω ερευνητικές περιοχές: Artificial Intelligence (especially Knowledge Representation and Constraint Satisfaction), Databases, Semantic Web and Linked Data, Knowledge Graphs, and Distributed Systems. 

Η έρευνα του κ. Κουμπαράκη έχει χρηματοδοτηθεί από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή, το Ελληνικό Ίδρυμα Έρευνας και Καινοτομίας, την Γενική Γραμματεία Έρευνας και Τεχνολογίας, και τη βιομηχανία (Microsoft Research και British Telecommunications plc.).

Ο κ. Κουμπαράκης είναι Fellow of the the European Association for Artificial Intelligence (EurAI) και τωρινός πρόεδρος της Ελληνικής Εταιρίας Τεχνητής Νοημοσύνης.